Az EME legfontosabb tudományos műhelyei a szakosztályok.
Jelenleg hét szakosztály működik:
- I. Bölcsészet-, Nyelv- és Történettudományi Szakosztály
- II. Természettudományi Szakosztály
- III. Orvos- és Gyógyszerésztudományi Szakosztály
- IV. Jog-, Közgazdaság-, és Társadalomtudományi Szakosztály
- V. Muszaki Tudományok Szakosztálya
- VI. Matematikai és Informatikai Szakosztály
- VII. Agrártudományi Szakosztály
A Szakosztályokat választott elnökök vezetik. Az Orvos- és Gyógyszerészettudományi Szakosztály Marosvásárhelyt, a többi Kolozsvárt működik. A Szakosztályok éves munkatervet állítanak össze s évente egy vagy több tudományos konferenciát szerveznek, havonként eloadó üléseket tartanak. Feladatuk az egyetemi hallgatók tudományos igyekezetének segítése, kutató csoportok alakítása is.
A Szakosztályok tagjai - a belső munkatársak és a nyugdíjasok kivételével - főállásban különböző intézmények munkatársai.
Fiókegyesületek
Az Egyesület országos intézmény: hozzátartoznak a különböző erdélyi városokban alakult fiókszervezetek. Ilyen helyi fiókok szerveződtek Nagyváradon, Zilahon, Szilágysomlyón, Szatmáron, Marosvásárhelyt, Gyergyószentmiklóson, Sepsiszentgyörgyön. Ezek autonóm egyesületek, s feladatuk a helyi s környékbeli magyar tudományos törekvések összefogása. Az EME évenkénti vándorgyűléseit a fiókegyesületekkel közösen szervezi. Ezeken általában magyarországi kutatókat is szerepeltetnek.