Folyóiratok
Erdélyi Múzeum – eredetileg az EME elnökségének és az első szakosztálynak a közlönye. Döbrentei Gábor első erdélyi magyar művelődési folyóiratának, az Erdélyi Múzeumnak (1818) tartalmára emlékeztetően 1874-ben indult Finály Henrik nyelvész és történész szerkesztésében, tág teret nyitva „a hitágazati hittan és a napi politika kivételével” minden tudományágnak. A lap ekkor tudományos fórumot teremtett a két évvel azelőtt alapított kolozsvári tudományegyetem professzorai eredményeinek közzétételére.
Az 1878-tól Orvos-természettudományi értesítő néven megjelenő folyóirat eredetileg a természet-tudományi szakosztály folyóirata. Az orvos-természettudományi szakosztály ülései hamarosan különváltak, és ennek következtében külön Értesítő-szám jelenik meg az orvosi tárgyú cikkekkel. Genersich Antal, az Erdélyi Múzeum-Egyesület volt válaszmányi tagja és orvos-természettudományi szakosztályának volt szakelnöke és elnöke, Kolozsvárra kerülése után, írásaival gyarapította a folyóiratban közölt orvosi szakirodalmat.
„Az újrakezdés vakmerő reménye
legyőzte itt az ostromló halált,
a daccal vágott a mindig új jövőnek..."
Áprily Lajos: A fejedelemhez
A Collegium Biologicum volt az első magyar nyelvű tudományos diákfolyóirat, amely az Erdélyi Múzeum-Egyesület égisze alatt megjelent. Szerkesztői és szerzői egyetemi hallgatók, lektorai tanáraik. Hiánypótlóként született, cél-ja az egyéni munkán alapuló kutatások eredményeinek bemutatása, amelyet a szerzők egyetemi éveik alatt végeztek. Egy olyan közös fórumot képvisel, ahol együtt jelentkezhet egy nemzedék egy színvonalas szakmai megméretkezésre.
A Collegium Geologicum az egyetlen romániai földtan témájú diákszaklap, melyben a kolozsvári Babes-Bolyai Tudományegyetemen tanuló diákok szakcikkei jelennek meg. Az évi rend-szerességgel megjelenő kiadvány külön érdekessége, hogy kétnyelvű, azaz a tanulmányok magyar és román nyelven jelennek meg.
A Collegium Geographicum a Cholnoky Jenő Földrajzi Társaság gondozásában kiadott, évente megjelenő földrajzi tanulmánygyűjtemény, a Múzeumi Füzetek alsorozata. A szerzők a kolozsvári Babeş-Bolyai Tudományegyetem geográfus és környezettanos diákjai, illetve az ELTÉ-n tanuló erdélyi földrajzosok.
Az Acta Materialia Transylvanica. Anyagtudományi Közlemények az Erdélyi Múzeum-Egyesület (EME) Műszaki Tudományok Szakosztályának folyóirata, amely az anyagtudományok területéről közöl tudományos közleményeket: szakcikkeket, összefoglalókat (szemléket), tanulmányokat. A folyóirat célja összképet adni kiemelten a Kárpát-medencei kutatási irányokról, tudományos eredményeiről, s ezt széles körben terjeszteni is.